Apja, Mario José Bergoglio 22 évesen érkezett szüleivel Olaszországból Argentínába, kezdetben az argentin vasútnál kapott állást, később pedig könyvelőként dolgozott; anyját, Regina María Sívorit már ott ismerte meg. Ferenc az elsőszülött öt gyermekük közül. Két öccse (Óscar Adrián, Alberto Horacio) és két húga (Marta Regina, María Elena) született még. Egy fiatalkori légúti betegség miatt eltávolították tüdejének egy részét, mivel akkor még, megfelelő antibiotikum híján, ez az életmentő lehetőség állt csak rendelkezésre.

Buenos Airesben szerzett vegyésztechnikusi diplomát, majd a papi szolgálat mellett döntött, belépett a villa devotói szemináriumba, és huszonkét évesen, 1958. március 11-én megkezdte a noviciátust a jezsuita rendben. Humán tanulmányokat folytatott Chilében, majd hazatérve, 1963-ban filozófiai licenciátust szerzett a San Miguel-i Colegio Máximo San Joséban. 1964-től 1965-ig a jezsuiták Santa Fé-i Szeplőtelen Fogantatás Gimnáziumában, majd 1966-ban a Buenos Aires-i Megváltó Gimnáziumban tanított irodalmat és pszichológiát. 1967-től 1970-ig teológiai tanulmányokat folytatott a Colegio Máximo San Joséban, és licenciátust szerzett. 1969. december 13-án szentelték pappá. 1970–1971-ben a spanyolországi Alcalá de Henaresben töltötte a harmadik probációs időt; örökfogadalmát 1973. április 22-én tette le.

1972-től 1973-ig novíciusmesterként szolgált, 1973-tól 1979-ig a jezsuita rend argentin tartományfőnöke volt. Ebben az időszakban, az argentin katonai diktatúra idején, a diktatúra ellenzékét sok atrocitás érte, többek között két jezsuita pap – a magyar Jálics Ferenc és Orlando Yorio – elrablása is. Ezzel kapcsolatban többen megvádolták Bergogliót, hogy részt vett az emberrablásban, vagy legalábbis nem tett ellene eleget. 2005-ben per is indult ellene az ügy miatt; a vádakat végül ejtették, de szerepe a történtekben a mai napig vitatott. Jálics Ferenc Bergoglio pápává választása után úgy nyilatkozott, hogy nem Bergoglio miatt hurcolták el őket, illetve abban, hogy a történtekben Bergoglio milyen szerepet játszott, nem tud állást foglalni. Jálics és Bergoglio az események után több évvel tudott találkozni egymással, hogy megbeszéljék a történteket. Ezt követően közös szentmisét mutattak be.

1980 és 1986 között San Miguel szemináriumának rektora és egyidejűleg plébános volt. Közben néhány hónapot Németországban töltött: itt dolgozott a kiemelkedő jelentőségű német katolikus teológus-filozófusról, Romano Guardiniről írt doktori disszertációján, amelyet azonban nem tudott befejezni, mert rendje hamarabb hazahívta. Ezt követően Córdobában szolgált gyóntatóként és lelkivezetőként.

1992. május 20-án kinevezték Buenos Aires segédpüspökévé és Auca címzetes püspökévé; június 27-én szentelték püspökké. 1997. június 3-án Buenos Aires koadjutor érseke, 1998. február 28-án érseke lett. 2005. november 8-tól 2011. november 8-ig az Argentin Püspöki Konferencia elnöke volt.

II. János Pál pápa kreálta és nevezte ki bíborossá 2001. február 21-én; római címtemploma a S. Roberto Bellarmino lett. Bíborosként több posztot is betöltött a Szentszéken: tagja volt a Papi Kongregációnak, az Istentiszteleti és Szentségi Fegyelmi Kongregációnak, a Megszentelt Élet Intézményei és Apostoli Élet Társaságai Kongregációjának, a Pápai Latin-Amerika Bizottságnak és a Család Pápai Tanácsának. 2005-ben megválasztották az argentin Püspöki Konferencia elnökének. Ezt a tisztséget 2011-ig töltötte be.

2005-ben részt vett II. János Pál pápa temetésén, majd a sede vacante időszakában a bíborosok kollégiuma mellett régensként irányította a Szentszéket a konklávé megnyitásáig. A pápaválasztáson a kiszivárgott hírek szerint Ratzinger bíboros után ő kapta a legtöbb szavazatot: egy bíboros névtelen feljegyzései alapján akkor az első választási fordulóban 10, a másodikban 35 és a harmadikban 40 szavazatot kapott, mielőtt Ratzingert pápává választották volna a negyedik körben.